Seqüenciació d’exomes en retard mental / autisme

Quan existeix un diagnòstic clínic clar d’una patologia genètica heterogènia, la seqüenciació de l’exoma suposa una bona estratègia per a buscar mutacions causals d’aquesta malaltia o discapacitat. A més a més de la reducció de material genètic a seqüenciar respecte al genoma complert, s’estima que el 85% de les mutacions causants de malalties genètiques conegudes es troben localitzades en els exomes.

L’exoma es refereix al conjunt de regions codificants i reguladores identificades de tots i cadascun dels gens del genoma.

Com funciona?

La seqüenciació de l’exoma, captura i seqüencia la porció codificant del genoma i la compara amb seqüencies de referència publicades en bases de dades internacionals. Aquest ajuda a identificar les variants causals que podrien explicar el desordre en el pacient afectat.

Aplicacions:

  • Trastorns del Neurodesenvolupament (TND)
  • Autisme
  • Errors congènits del metabolisme (ECM)
  • Cegueres hereditàries
  • Alteracions en la hematopoyesis
  • Epilèpsia genètica

Retard mental/autisme

Els trastorns del neurodesenvolupament (TND) afecten al voltant del 2,5-3% de la població pediàtrica. En un percentatge important dels casos, aquests trastorns tenen un origen genètic. Així mateix el subgrup dels trastorns del espectre autista (TEA) inclou l’autisme, els trastorns generalitzats del desenvolupament no específics, i el síndrome d’Asperger.  Aquests, sovint son comòrbits amb altres quadres clínics, com la discapacitat intel·lectual, que puguin presentar també una causa genètica en molts casos.

Les causes genètiques de l’autisme son variades. Algunes són alteracions cromosòmiques visibles al cariotip (3-5%) o altres variants de número de copia ( ̴10%) només detectables mitjançant array CGH (CarioChip® Postnatal). D’altra banda, l’estudi de l’exoma permet detectar mutacions en gens concrets (com MECP2, FMR1 o PTEN) que expliquen fins a un 10% dels casos, així com un  ̴10% addicional de casos que poden ser deguts a alteracions puntuals en altres gens. En total, d’acord al coneixement actual i amb la tecnologia disponible, s’estima que és possible identificar l’etiologia genètica en un 30-40% dels individus amb TEA1.

Llistat de principals TND abordables mitjançant exoma sota petició:

Síndrome d'Aarskog-Scott.
Síndrome d'Angelman.
Autisme.
Síndrome de Bardet-Biedl.
Síndrome de Cardiofaciocutáneo.
Síndrome de CHARGE.
Síndrome de Cockayne.
Síndrome de Coffin-Lowry.
Síndrome de Cohen.
Síndrome de Cornelia de Lange.
Síndrome de Costello.
Síndrome de Joubert.
Síndrome de Kabuki.
Síndrome de Legius. 


1Schaefer GB, Mendelsohn NJ; Professional Practice and Guidelines Committee. Clinical genetics evaluation in identifying the etiology of autism spectrum disorders: 2013 guideline revisions. Genet Med. 2013 May; 15 (5):399-407. Doi:10.1038/gim.2013.32 Epub 2013 Mar 21. PubMed PMID: 23519317.